在《精英部隊1》的故事結束3年後，《精英部隊 2》中巴西裡約特別警察行動部隊隊長納西門托的個人和家庭生活成為了續集篇的主綫。裡約特別警察在平復一次監獄暴動的行動中吃了大虧，傷及元氣，盡管擔當隊長之職的納西門托仕途平步青雲，但也因為這次事件的影響受到了牽連。與此同時，一場大規模的政治鬥爭在巴西的土地上燃燒開來，上至總統貴族，下至販夫走卒，警察局、軍隊和特別警察部門，統統捲入其中，一時間，一場喋血的槍殺事件火爆上演。